臺(tái)大研究成果系列報(bào)導(dǎo)　生命科學(xué)系阮雪芬老師之多體學(xué)和AI探討疾病進(jìn)程及藥物開發(fā)

在各種多體學(xué)技術(shù)的進(jìn)展下，致使巨量資料快速產(chǎn)生，如何運(yùn)用多體學(xué)數(shù)據(jù)和AI找到重要分子在疾病進(jìn)程的角色，以及如何找到合適藥物成了重要的議題。

以下簡(jiǎn)述三個(gè)阮雪芬老師團(tuán)隊(duì)重要的成果:

一、阮老師團(tuán)隊(duì)運(yùn)用各種體學(xué)，包括轉(zhuǎn)錄體學(xué)、磷酸化蛋白體學(xué)和RNA結(jié)合蛋白體學(xué)，並用多種生化和細(xì)胞實(shí)驗(yàn)證明抑制肺癌細(xì)胞表面的ATP合成酶，會(huì)透過長(zhǎng)鏈非編碼核醣核酸所調(diào)控的磷酸化訊息網(wǎng)路，誘導(dǎo)具抗藥性肺癌細(xì)胞的死亡。此成果發(fā)表於蛋白體學(xué)領(lǐng)域排名第一的《分子與細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)期刊》(Molecular & Cellular Proteomics) (DOI: 10.1074/mcp.RA120.002219)。

二、阮老師團(tuán)隊(duì)運(yùn)用定量蛋白體以及磷酸化蛋白體技術(shù)發(fā)現(xiàn)，ZNF322A基因沉默後促進(jìn)PIM3的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)，影響IRS1在Serine 1101的磷酸化，進(jìn)而透過PI3K/AKT/mTOR訊息路徑操控葡萄糖的吸收。除此之外，ZNF322A基因沉默後會(huì)透過影響HSP27 S82 and eIF2a S51的磷酸化而造成非折疊蛋白反應(yīng)，進(jìn)一步形成自噬小體。這個(gè)研究的結(jié)果或許可以提供肺癌治療的策略。此成果發(fā)表於《生醫(yī)科學(xué)雜誌》(Journal of Biomedical Science) (DOI: 10.1186/s12929-020-00668-5)。

三、為對(duì)抗COVID-19，阮老師團(tuán)隊(duì)運(yùn)用老藥新用策略尋找治療藥物。團(tuán)隊(duì)分析大數(shù)據(jù)資料找到藥物，經(jīng)過醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)暨生物技術(shù)學(xué)系張淑媛老師以細(xì)胞實(shí)驗(yàn)確定有效，該成果發(fā)表於《細(xì)胞》(Cell)出版的新期刊(Heliyon) (DOI: 10.1016/j.heliyon.2020.e05646)，目前正在策劃進(jìn)行動(dòng)物試驗(yàn)及技轉(zhuǎn)。除此之外，阮老師與生物機(jī)電工程學(xué)系陳倩瑜老師共同指導(dǎo)臺(tái)灣人工智慧生物資訊演算法團(tuán)隊(duì)，建立一個(gè)資料庫(kù)DockCoV2，該資料庫(kù)著重在計(jì)算FDA和健保藥物與蛋白質(zhì)之間的親合力，提供最先進(jìn)的預(yù)測(cè)結(jié)果。使用者可以直接下載有興趣的藥物和蛋白接合資料，並檢查一些藥物相關(guān)的資訊。此成果發(fā)表於Google Scholar生物化學(xué)研究領(lǐng)域排名第一的期刊《核酸研究期刊》(Nucleic Acids Research) (DOI: 10.1093/nar/gkaa861)。