大數(shù)據(jù)探勘癌癥組織的細(xì)菌轉(zhuǎn)錄圖譜

以往認(rèn)為人類(lèi)腸道以外的內(nèi)臟是無(wú)菌的，尤其腫瘤組織中偵測(cè)到的細(xì)菌常被認(rèn)為是取樣時(shí)的汙染。然而，近來(lái)越來(lái)越多的證據(jù)顯示癌癥組織中存在各種微生物。本次研究基於?物盡其用?的概念，將癌癥基因體圖譜（The Cancer Genome Atlas, TCGA）的人類(lèi)癌癥微小核醣核酸序列資料進(jìn)行大數(shù)據(jù)分析，將原本沒(méi)有對(duì)應(yīng)到人類(lèi)基因而該被丟掉的序列再利用，與細(xì)菌基因資料進(jìn)行序列比對(duì)，從而獲取癌癥組織中存在的細(xì)菌種類(lèi)與表現(xiàn)數(shù)量等資訊，進(jìn)而建構(gòu)「BIC」資料庫(kù)，提供與微生物群落相關(guān)的癌癥微環(huán)境生物資訊。此項(xiàng)以臺(tái)大師生為首的跨校團(tuán)隊(duì)，所得的研究成果發(fā)表於生物化學(xué)研究領(lǐng)域排名第一的期刊此研究成果發(fā)表於《核酸研究》（Nucleic Acids Research）。

BIC資料庫(kù)探勘來(lái)自32種癌癥類(lèi)型含有1萬(wàn)362個(gè)病人組織樣本的大數(shù)據(jù)序列資料，運(yùn)用多項(xiàng)生物資訊分析獲得細(xì)菌組成及其豐富度、細(xì)菌歧異度、細(xì)菌間的共豐度網(wǎng)路、各類(lèi)細(xì)菌的臨床關(guān)聯(lián)性、相關(guān)的人類(lèi)基因表達(dá)以及生物功能等各類(lèi)資料與分析結(jié)果，並提供線(xiàn)上視覺(jué)化分析查詢(xún)介面，讓使用者能更方便有效的利用與下載這些資訊。BIC資料庫(kù)為使用者可自由使用的公開(kāi)資料庫(kù)，且所有的開(kāi)發(fā)程式碼皆公開(kāi)在GitHub，歡迎生物資訊相關(guān)社群的研究人員與愛(ài)好者可以此開(kāi)發(fā)其他的應(yīng)用。

此項(xiàng)研究成果由生命科學(xué)系暨生醫(yī)電子與資訊學(xué)研究所特聘教授，兼計(jì)算與系統(tǒng)生物學(xué)中心主任阮雪芬，與國(guó)立陽(yáng)明交通大學(xué)生物醫(yī)學(xué)資訊所教授黃宣誠(chéng)合作的研究團(tuán)隊(duì)，由國(guó)科會(huì)（原科技部）和臺(tái)大深耕計(jì)畫(huà)資助，以及國(guó)家高速網(wǎng)路與計(jì)算中心的計(jì)算資源下完成。第一作者為生醫(yī)電子與資訊學(xué)研究所博士生陳凱普，參與研究的團(tuán)隊(duì)成員還包括臺(tái)大醫(yī)院許家郎博士和生醫(yī)電子與資訊學(xué)研究所教授歐陽(yáng)彥正。

陳凱普同學(xué)患有罕見(jiàn)疾病脊髓性肌肉萎縮癥，能夠順利完成此項(xiàng)研究工作也要特別感謝臺(tái)大和生科院於校園中建置無(wú)障礙空間，讓陳同學(xué)能無(wú)憂(yōu)地在校努力不懈，除了充實(shí)知識(shí)外，也學(xué)習(xí)生物資訊與資料庫(kù)建構(gòu)技術(shù)，因而有此研究成果產(chǎn)生。

文章連結(jié)：https://doi.org/10.1093/nar/gkac891